COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 14.761464 14.761464 14.410033
2021-02-10 17:00:00 13.137694 14.518626 14.408237
2021-02-09 17:00:00 12.851202 12.851202 14.334121
2021-02-08 17:00:00 14.518626 14.518626 14.416928
2021-02-07 17:00:00 15.395908 15.395908 14.398741
2021-02-06 17:00:00 6.259430 14.226573 14.394389
2021-02-05 17:00:00 14.772408 14.772408 14.489529

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 8.051290 8.051290 7.971162
2021-02-10 17:00:00 5.033665 8.619270 8.344156
2021-02-09 17:00:00 6.615427 6.615427 8.439774
2021-02-08 17:00:00 1.315884 5.050782 8.466773
2021-02-07 17:00:00 5.306719 5.306719 8.733890
2021-02-06 17:00:00 14.233781 14.233781 9.008923
2021-02-05 17:00:00 9.151194 9.151194 9.358000

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 20.689655 20.689655 16.209923
2021-02-10 17:00:00 21.510297 21.510297 16.003924
2021-02-09 17:00:00 17.966102 17.966102 15.474918
2021-02-08 17:00:00 14.705882 15.618661 15.597897
2021-02-07 17:00:00 15.618661 15.618661 15.607675
2021-02-06 17:00:00 11.691884 11.691884 15.600586
2021-02-05 17:00:00 12.842713 12.842713 15.522424

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 7.568807 7.568807 8.195243
2021-02-10 17:00:00 8.942750 8.942750 8.129048
2021-02-09 17:00:00 7.727086 7.727086 8.059456
2021-02-08 17:00:00 8.830846 8.097000 8.132423
2021-02-07 17:00:00 4.703704 7.259259 8.098825
2021-02-06 17:00:00 8.222037 8.222037 8.059378
2021-02-05 17:00:00 10.883424 10.883424 8.188752

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 13.869330 13.869330 15.786232
2021-02-10 17:00:00 12.450503 12.450503 15.699623
2021-02-09 17:00:00 16.712580 16.712580 15.572968
2021-02-08 17:00:00 28.636802 28.636802 15.772339
2021-02-07 17:00:00 23.353454 23.353454 15.515306
2021-02-06 17:00:00 1.159590 13.896629 15.359017
2021-02-05 17:00:00 14.513598 14.513598 15.355780

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 24.944362 24.944362 24.415893
2021-02-10 17:00:00 16.902944 23.137041 24.477731
2021-02-09 17:00:00 24.690422 19.089488 24.550170
2021-02-08 17:00:00 45.318619 24.946110 25.046229
2021-02-07 17:00:00 30.240700 30.240700 25.574628
2021-02-06 17:00:00 26.079578 26.079578 25.954098
2021-02-05 17:00:00 26.729375 26.729375 26.418003

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 16.178797 16.178797 14.743119
2021-02-10 17:00:00 12.065508 12.065508 15.172206
2021-02-09 17:00:00 11.605996 11.605996 15.467965
2021-02-08 17:00:00 16.645649 16.645649 15.155890
2021-02-07 17:00:00 15.388769 15.388769 15.469274
2021-02-06 17:00:00 8.951019 17.687366 15.671372
2021-02-05 17:00:00 15.621716 15.621716 15.993948

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 6.682088 6.682088 5.453422
2021-02-10 17:00:00 5.732306 5.732306 5.501393
2021-02-09 17:00:00 4.338028 4.338028 5.522933
2021-02-08 17:00:00 11.864664 4.315673 5.480863
2021-02-07 17:00:00 6.305257 6.305257 5.510716
2021-02-06 17:00:00 5.067720 5.067720 5.536637
2021-02-05 17:00:00 5.302291 5.302291 5.602916

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 12.709163 12.709163 14.410492
2021-02-10 17:00:00 14.124951 14.124951 14.528847
2021-02-09 17:00:00 11.115917 11.115917 14.608908
2021-02-08 17:00:00 14.039566 14.039566 14.789046
2021-02-07 17:00:00 26.863469 26.863469 14.961367
2021-02-06 17:00:00 15.907781 15.907781 14.728397
2021-02-05 17:00:00 12.943470 12.943470 14.534742

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 20.496842 27.582299 22.460802
2021-02-10 17:00:00 20.649989 20.649989 21.918822
2021-02-09 17:00:00 23.013737 23.013737 21.008829
2021-02-08 17:00:00 18.484097 35.894259 20.558809
2021-02-07 17:00:00 17.618328 17.618328 20.132656
2021-02-06 17:00:00 21.934527 21.934527 19.755015
2021-02-05 17:00:00 22.137742 15.400937 19.512584

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 11.707533 15.966260 13.331833
2021-02-10 17:00:00 12.108139 12.108139 13.321118
2021-02-09 17:00:00 8.176863 12.447002 13.022020
2021-02-08 17:00:00 25.560538 12.356148 12.956579
2021-02-07 17:00:00 13.690063 13.690063 12.944452
2021-02-06 17:00:00 12.831077 12.831077 12.908940
2021-02-05 17:00:00 13.324751 13.324751 12.826668

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 11.755486 11.755486 12.724298
2021-02-10 17:00:00 14.486922 11.560694 12.499338
2021-02-09 17:00:00 5.343511 20.101781 12.326297
2021-02-08 17:00:00 13.312203 13.312203 12.168245
2021-02-07 17:00:00 13.150289 13.150289 11.971213
2021-02-06 17:00:00 9.898477 9.898477 11.786571
2021-02-05 17:00:00 11.649366 11.649366 11.612285

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 95.371669 95.371669 94.246773
2021-02-10 17:00:00 115.519766 115.519766 93.487616
2021-02-09 17:00:00 228.164557 99.654457 93.087122
2021-02-08 17:00:00 74.127907 92.643052 90.309591
2021-02-07 17:00:00 64.032698 64.032698 88.213319
2021-02-06 17:00:00 102.035623 102.035623 86.995895
2021-02-05 17:00:00 79.330254 79.330254 86.133602

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 65.544041 65.544041 NaN
2021-02-10 17:00:00 89.970501 89.970501 NaN
2021-02-09 17:00:00 58.781362 58.781362 NaN
2021-02-08 17:00:00 29.729730 29.729730 NaN
2021-02-07 17:00:00 65.543071 65.543071 NaN
2021-02-06 17:00:00 83.734940 83.734940 NaN
2021-02-05 17:00:00 84.166667 84.166667 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 18.819247 10.968661 12.253436
2021-02-10 17:00:00 10.764280 10.764280 12.521602
2021-02-09 17:00:00 10.255136 10.255136 12.768124
2021-02-08 17:00:00 18.435115 8.490069 13.139665
2021-02-07 17:00:00 18.869066 18.869066 13.442399
2021-02-06 17:00:00 15.940418 15.940418 13.677074
2021-02-05 17:00:00 14.735516 14.735516 14.096966

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 37.760968 37.760968 25.626470
2021-02-10 17:00:00 23.973839 23.973839 25.458892
2021-02-09 17:00:00 15.752949 15.752949 24.736669
2021-02-08 17:00:00 13.839941 33.994126 25.071370
2021-02-07 17:00:00 45.508626 20.408163 25.979357
2021-02-06 17:00:00 23.792395 23.792395 25.973388
2021-02-05 17:00:00 28.151066 28.151066 25.930497

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 4.392129 4.392129 6.292479
2021-02-10 17:00:00 6.399046 6.399046 6.256618
2021-02-09 17:00:00 5.636743 5.636743 6.116269
2021-02-08 17:00:00 5.137615 5.137615 6.077585
2021-02-07 17:00:00 9.777778 9.777778 6.184124
2021-02-06 17:00:00 5.484862 5.484862 6.319855
2021-02-05 17:00:00 7.074090 7.074090 6.496645

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 12.947189 12.947189 13.021152
2021-02-10 17:00:00 12.714965 12.714965 13.085066
2021-02-09 17:00:00 13.726937 13.726937 13.270437
2021-02-08 17:00:00 11.658537 13.627398 13.479530
2021-02-07 17:00:00 12.954186 12.954186 13.600059
2021-02-06 17:00:00 13.261421 13.261421 13.776814
2021-02-05 17:00:00 11.045365 11.045365 14.011878

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 8.993964 6.911469 7.780577
2021-02-10 17:00:00 7.082542 7.082542 7.784382
2021-02-09 17:00:00 6.291667 6.291667 7.810242
2021-02-08 17:00:00 12.137387 6.925318 7.756293
2021-02-07 17:00:00 10.090634 10.090634 7.745850
2021-02-06 17:00:00 9.038682 9.038682 7.776430
2021-02-05 17:00:00 9.308792 9.308792 7.780529

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 23.018389 23.018389 25.872860
2021-02-10 17:00:00 25.105868 25.105868 26.249209
2021-02-09 17:00:00 21.626298 25.746653 26.080295
2021-02-08 17:00:00 90.047393 26.304654 26.047850
2021-02-07 17:00:00 28.191882 28.191882 25.989958
2021-02-06 17:00:00 25.397974 25.397974 25.536910
2021-02-05 17:00:00 29.632107 29.632107 25.314140

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 10.465116 10.465116 10.880626
2021-02-10 17:00:00 7.526882 7.526882 11.029396
2021-02-09 17:00:00 15.384615 15.384615 10.472914
2021-02-08 17:00:00 26.530612 15.476190 10.052757
2021-02-07 17:00:00 1.562500 1.562500 10.182426
2021-02-06 17:00:00 13.333333 13.333333 9.748370
2021-02-05 17:00:00 8.888889 8.888889 9.691962

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-11 17:00:00 23.266513 23.266513 24.522899
2021-02-10 17:00:00 26.436782 26.436782 24.440722
2021-02-09 17:00:00 25.905395 25.905395 24.579792
2021-02-08 17:00:00 29.885057 16.334072 24.400191
2021-02-07 17:00:00 22.794118 22.794118 24.306189
2021-02-06 17:00:00 30.262200 30.262200 24.359792
2021-02-05 17:00:00 25.056264 25.056264 24.869006

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 8.051290 8.051290 7.971162
Basilicata 20.689655 20.689655 16.209923
Calabria 7.568807 7.568807 8.195243
Campania 13.869330 13.869330 15.786232
Emilia-Romagna 24.944362 24.944362 24.415893
Friuli Venezia Giulia 16.178797 16.178797 14.743119
Lazio 6.682088 6.682088 5.453422
Liguria 12.709163 12.709163 14.410492
Lombardia 20.496842 27.582299 22.460802
Marche 11.707533 15.966260 13.331833
Molise 11.755486 11.755486 12.724298
P.A. Bolzano 95.371669 95.371669 94.246773
P.A. Trento 65.544041 65.544041 NaN
Piemonte 18.819247 10.968661 12.253436
Puglia 37.760968 37.760968 25.626470
Sardegna 4.392129 4.392129 6.292479
Sicilia 12.947189 12.947189 13.021152
Toscana 8.993964 6.911469 7.780577
Umbria 23.018389 23.018389 25.872860
Valle d'Aosta 10.465116 10.465116 10.880626
Veneto 23.266513 23.266513 24.522899

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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